El Zaragoza FC disputó su primer partido el 20 de marzo de 1932, en Torrero frente al Valladolid. Como preliminar se jugó otro partido entre el amateur del Real Madrid y el Gure Txoko, conjunto de aficionados formado casi en su totalidad por estudiantes. Este es el primer filial que tuvo el Zaragoza.
En el libro de Angel Aznar “El largo camino hasta la Recopa”, no se vuelve a hacer mención de equipos filiales hasta la temporada 34/35, en la que aparece una foto del Zaragoza FC amateur, también llamado reserva. En el capítulo de la 35/36 (la del primer ascenso a 1ª División de los Alifantes) también hay una foto de un entrenamiento entre la plantilla profesional y la aficionada.
En esa temporada, el filial se proclamó campeón regional amateur ante el Casetas, pasando a jugar la fase nacional. Tras eliminar al Indarra de Pamplona, Donostia y Sestao, jugaron la final en Valencia ante el Sevilla, perdiendo por 3-2.
Tras el paréntesis de la Guerra Civil, en el verano de 1940 se organizó la primera escuela de futbolistas. Se presentaron 214 jóvenes para hacer las pruebas. Unos cuantos fueron cedidos a otros equipos, quedándose con 14 para terminar de conformar la plantilla del filial. Filial que fue el Atlético Zaragoza, que militaba en 1ª Regional. Y que, bajo el nombre de Zaragoza aficionado, jugó el campeonato de España 40/41. Se eliminó al Barcelona, Logroñés y Barreda, jugando la final, nuevamente en Valencia. Y ganándola por 2-0 ante el Alcoyano.
En la 41/42 el filial siguió siendo el Atlético Zaragoza, que se proclamó campeón de 1ª Regional. También lo fue en la 42/43.
En la 43/44 la Federación obligó a todos los clubes de 1ª y 2ª División a tener un conjunto aficionado, inscribiendo el Zaragoza a su equipo reserva en 3ª División, donde coincidió con el filial que ya tenía, el Atlético Zaragoza. El nuevo equipo no llegó ni a terminar la temporada, puesto que se retiraron de la competición. Una mezcla de ambos equipos jugó el campeonato de España de aficionados, siendo eliminado en tercera ronda por el Barcelona.
La 44/45, 45/46 (jugaron campeonato de España) y 46/47 el Atlético Zaragoza siguió siendo filial, jugando en 3ª División, llegando a proclamarse campeón en la 46/47.
El descenso del primer equipo a 3ª en 1947 los hizo coincidir en la misma categoría, aunque en distinto grupo. También coincidieron la siguiente temporada (esta vez en el mismo grupo), en la que el Zaragoza logró el ascenso a 2ª.
La 49/50 y 50/51 fueron las últimas temporadas del Atlético Zaragoza. La temporada de desaparición de este club coincidió con la creación por la Federación de la categoría juvenil, inscribiendo el Zaragoza a un equipo.
La 51/52 y 52/53 sólo hubo equipo juvenil. Pero en la 53/54 se incorporó un nuevo filial: el Celta (no de Vigo, ¿eh?), que ascendió a 3ª División.
En la 54/55 no hay mención a ningún filial en el libro de Angel Aznar. Sí seguían compitiendo los juveniles, que en la 55/56 quedaron subcampeones de Copa de España ante el San Martín de Barcelona. En esa misma temporada reapareció un Zaragoza amateur para jugar el campeonato regional de aficionados.
En la 56/57 aparece un nuevo filial: el César Augusta, que jugó en 1ª Regional. Que dejaría su sitio al año siguiente al Amistad, filial la 57/58, 58/59, 59/60 y 60/61. Jugaba en 3ª División, llegando a jugar la fase de ascenso a 2ª en 1959, 1960 y 1961.
La 58/59 se hizo un segundo filial, que bajo el nombre de Real Zaragoza amateur compitió en 1ª Regional con los juveniles del año anterior, consiguiendo el ascenso a 3ª. La 59/60 al jugar en categoría nacional tuvo que cambiar su nombre por el de Juventud, ya que no podía coincidir con el mismo nombre dos equipos.
La 60/61 y 61/62 continuó como filial el Juventud. Pero dejó de serlo, pasando nuevamente el Amistad a ser equipo “colaborador” (que no filial) la 62/63 y 63/64.
La desaparición del Amistad propició que en la 64/65 adquiriese sus derechos en 3ª División el Aragón. Como también continuó con la misma colaboración con el primer equipo, durante esa temporada y la siguiente 65/66.
El 29 de julio de 1966 fue una fecha histórica, pues ese día se firmó el acuerdo por el que el Aragón CF pasaba a ser filial del Real Zaragoza CD. A partir de entonces fue siempre el equipo filial. Y comenzó su filialidad con fuerza, puesto que la 66/67 y la 67/68 jugó la fase de ascenso a 2ª División. Como curiosidad, en ésta última temporada, en el equipo juvenil figuraba un tal Fernando Molinos…